成为了乱波的一员。这些人虽然失去了信仰的神灵，但仍然保留着神力或者灵力，他们的后代也通过血脉继承了这些力量。拥有相同能力的人逐渐聚集起来，使用新的力量进行战斗，为了区别他们与乱波，人们赋予了他们一个新的称号忍者。
忍者是吸收了阴阳术、佛教、神道教、武士、乱波等多类精粹的能力者，六道更是其中的大能者，他从能力者中脱颖而出，将忍者纷乱繁杂的能力加以梳理，创立了完整的力量体系，因而被尊称为忍者的始祖。
因为忍者的出现，乱波逐渐退出了历史舞台，但即便拥有了更加强大的能力，忍者仍然和乱波一样，在很长一段时间里被看做是檐猴瓦鼠之流，认为他们只能担当情报搜集、情报加工、游击战、夜袭、暗杀一类的任务。直到西渡五百多年后，因为风之国西部的药师寺氏和井伊氏之间长年发生战争，西部的对马、石见、丹流等地的国人、豪族与百姓不堪其扰，要求两氏军队移往别处交战，在无效后以武力驱逐了两氏在本地的势力，并缔结为一揆地方同盟，共同管理这些地区。药师寺、井伊等多个氏族联合对他们进行镇压，却多次被同盟雇佣的忍者军团击败，这样的状况一直持续了好几年，才被风之国大名镇压下去。
而后又有发生于水之国的户石城之战，户石城坐落于水之国北部的群山之间，因此又称为砥石城。此地属田村氏统辖，芦名氏想趁田村氏内乱之际吞并户石城，却率攻不破，后来雇佣了聚居于附近的忍者水无月氏协助攻城，田村一门统领田村久秀战死，户石城陷落。
但让忍者正面作战能力名声大噪的，仍要数土之国尼子氏与六角氏之间爆发的钩之阵战役。这场战役也让忍者森之千手一族名声鹊起，声威响彻西大陆。
尼子氏与六角氏都出于源氏佐佐木氏流，两氏因观音寺地区的年贡归属而爆发战争，尼子氏将领持清在观音寺的钩村设立本阵，准备迎击六角镜松所率领的军队。但六角镜松先发制人，聚集了千手一族的数百名忍者趁夜对钩之阵发起了袭击。整场战斗只持续了一个小时，尼子持清战死，尼子军在撤退途中遭遇六角镜松伏击，几乎全面崩溃，尼子氏自此元气大伤。
从后世的历史观点来看，忍者军团替代武士阶层成为战争主要战斗力其实有迹可循。战国时代战争频繁，每一次战争的兵役和军费都需要家臣分摊，但战争的收益却并不一定能够达到所付出的成本，有的家臣因此而抵制大名发起的战争。
此外，战争中的士兵大多数是由领地内的农民征召而来，参与战斗必然会耽误耕种，受此影响，大名一般只能在农闲时发起战争。而领主为了保证士兵征召，通常采用减免年贡和劳役的方式，加重了发动战争的经济负担，尤其是远征更是花费巨大。更重要的是，随着战争规模的扩大，由多个领地的骑马武士组成的骑兵部队已经无法满足战争的需求，步兵成为了主要战斗力，而相比由普通武士组成的步兵，忍者的速度更快、机动性也更强。在这些原因下，忍者军团的出现并得以发展也是很正常的。
如后世的历史学家所说：战争的形式已经发生巨大的变化，但地方武士们却还享受着属于自己的生活。忍者军团代替武士成为主要战斗力，已是毋庸置疑的事实。
作者有话要说： 踯躅崎（杜鹃花）之乱：参考日本的应仁之乱，这次战乱是日本战国时代的发端。东军和西军各率领十数万军队进行战争，战乱持续了多年，最终双方都无力支撑，在1474年四月，两军新的统帅山名政丰和细川政元正式讲和，1477年西军全部退出畿内归国，应仁之乱才算暂时打上一个句号。
风之国的暴乱：参考了文明十七年（1485年）十二月，山城国南部三十六名国人代表一揆势力向幕府提出诉求，此后这三十六人即共同管理山城国南部，并且驱逐幕府派驻的守护。这一状况一直延续了整整八年，才被幕府和守护大名们镇压下去。
户石城之战：参考了天文年间武田氏与村上氏之间的户石城之战。
钩之阵：这个是甲贺忍者的精彩案例，我在看《忍者：生于黑暗中的军团》时一直用千手和宇智波脑补甲贺与伊贺忍者。
战争的形式已经发生巨大的变化：出自司马辽太郎的《枭之城》。
☆、第三章
就这样，此后的一百多年完全成为了忍者的光荣时代。他们以契约的方式接受领主的雇佣，成为了当时最便利的人才资源。在战火的洗礼中，有两个氏族跨越众多势力，站上了忍界的巅峰，分别是森之千手一族和宇智波一族。
但如枝头之花谁人都可以攀折，忍者不在乎上位者是谁，也没有长久的效忠主君之心，如同一柄无主的利刀，谁都可以握住，今天的主人，也许就是明天的猎物，这样的反复无常也让雇主心生警惕，忍者有时要面对敌人和雇佣者两方的敌意。
西渡八百年，土之国六角氏鼓动夙敌京极氏家臣浅井氏发动内乱，浅井氏击败了京极氏，代替京极氏成为土之国花仓、月山富、冬尚、繁川等地的辖领者，并一度臣服于六角氏。但在上一任家主浅井亮政死后，其孙浅井长政就在矶野、海北等重臣与麾下有力豪族的反对下与六角氏决裂，投靠了称霸土之国南部的织田氏。
织田氏原本是土之国东南部尾张守护斯波氏
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